Regulas mērķis ir aizsargāt ES lauksaimniecību un mežsaimniecību, bioloģisko daudzveidību un ekosistēmu, novēršot kaitīgo organismu iekļūšanu un izplatīšanos ES teritorijā.
Ilgajās diskusijās ES Padomes līmenī rasts kompromiss par Regulas projektā iekļauto augu un augu produktu importa sistēmu un panākta vienošanās, ka imports tiks balstīts uz riska novērtēšanu un preventīviem pasākumiem. Tas nozīmē aizliegumu ievest ES teritorijā tos augus un augu produktus, kuriem, veicot sākotnējā riska novērtējumu, kas ir balstīts uz regulā noteiktiem kritērijiem, pastāv kaitīgo organismu izplatīšanās risks, un tas nevar būt samazināts ar fitosanitāriem pasākumiem.
Patlaban tirdzniecībā esošie augi ir grūti izsekojami, augu pases katra dalībvalsts noformē atšķirīgi un atļauts informāciju rakstīt brīvajā secībā un katras valsts nacionālajā valodā. Regulas projekts paredz harmonizētu augu pasu sistēmu un ievieš izsekojamības principus.
Regula nosaka papildu drošības pasākumus no konkrētiem augu karantīnas organismiem brīvajās teritorijās (aizsargājamās zonas).
Darbs pie jaunās regulas izstrādes uzsākts 2013.gadā ES Padomes Augu aizsardzības un inspekcijas darba grupā un Latvijas prezidentūras laikā panākta konceptuāla vienošanās par tās teksta redakciju.