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L'objectif du règlement est de protéger l'agriculture et la foresterie, la diversité biologique et l’écosystème de l'UE grâce aux mesures visant à prévenir l'introduction et la propagation des organismes nuisibles sur le territoire de l'UE.
Les discussions laborieuses au Conseil de l'UE ont abouti à un compromis sur les systèmes d'importation des végétaux et des produits végétaux inscrits dans le règlement. Le consensus atteint prévoit que les importations devraient être basées sur l'évaluation des risques et les mesures préventives. L'importation de ces végétaux et produits végétaux dans l'UE devrait être interdite lorsque l’évaluation préliminaire des risques, menée conformément aux critères du règlement, constate un danger de propagation des organismes nuisibles et ce danger, malgré l’application des mesures phytosanitaires, ne peut pas être réduit à un niveau acceptable.
Il est difficile de remonter à l’origine des plantes et des produits végétaux qui se trouvent actuellement sur les marchés afin d'identifier les producteurs. Les passeports phytosanitaires sont délivrés différemment et les informations sont écrites en format libre et dans la langue nationale de l'État membre. Le projet de règlement prévoit l’harmonisation du système de passeport phytosanitaire et la mise en œuvre des obligations de traçabilité.
En outre, le règlement prévoit des mesures de protection supplémentaires pour les territoires exempts d'organismes nuisibles (les zones protégées).
Le travail sur le nouveau règlement a été lancé en 2013 par le Groupe de travail du Conseil de l'UE sur la santé des plantes, et la présidence lettone a atteint un accord conceptuel sur le texte.
